16 января 2017 года руководителем СУ СК РФ по Ивановской области возбуждено уголовное дело.
По версии следствия, Елена Бекетова, являясь лицом, постоянно выполняющим организационно-распорядительные и административно-хозяйственные функции в коммерческой организации, созданной в форме сельскохозяйственного производственного кооператива имени ХХI Партсъезда, используя свои служебные полномочия, изготовила и представила в территориальный отдел государственной статистики Ивановской области заведомо ложные, не соответствующие действительности данные об общей посевной площади под урожай, и с утвержденными отделом статистики документами 20.02.2016 обратилась в Департамент сельского хозяйства и продовольствия Ивановской области с заявлением о предоставлении субсидии на оказание несвязанной поддержки в области растениеводства. В период с 14.03.2016 по 17.03.2016 будучи введенным в заблуждение относительно преступных намерений Бекетовой Департамент сельского хозяйства предоставил денежные средства в качестве субсидии на общую сумму свыше 240 тысяч рублей, которые Бекетова похитила и распорядилась по своему усмотрению, причинив Департаменту материальный ущерб на указанную сумму.
С 14.09.2015 по настоящее время Бекетова является депутатом Совета Батмановского сельского поселения Кинешемского муниципального района Ивановской области третьего созыва, срок полномочий 5 лет.
Уголовное дело по ч.3 ст. 159 УК РФ (мошенничество) направлено Кинешемским городским прокурором на рассмотрение в суд.